荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根;高压(圈枝)繁殖的荔枝侧根须根发达,没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成,初生的幼根白色,肉质,质脆易断,俗称“豆芽根”。
老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生,形成菌根,为总状分枝式。不同品种,树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色,表皮较光滑,黑叶、糯米糍、禾荔等品种,树干黑褐色,表皮较粗糙。
荔枝树树体高大,百多年生的树高16.0米以上,树冠直径15.0米以上,主干粗大。树皮粗糙成微龟裂状,但较龙眼光滑,灰白色、灰褐色或黑褐色。
土层瘠薄或地下水位高,树冠较小;土层深厚肥沃,树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显,且多为3~4条主干,成多干型,树冠较开张,成半圆头形;实生植株,主干明显,成单干型,树冠多成圆头形。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20~30厘米,徒长枝长达60~100厘米。末次梢营养充足生长良好,次年能抽穗开花者,称为结果母枝。
3~10个支穗组成一个侧穗。6~20个侧穗和若干腋侧穗组成一个聚伞圆锥花序。荔枝花序上小花着生的疏密因品种而异。